생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3.2 Perceus 설치하기 (version 1.3.4)

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새로운 글이 있습니다. 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3.3 Perceus 설치하기 링크로 가셔서 최신 글을 보시기 바랍니다.
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1. 클러스터 이해하기
2. 시스템 구성과 CentOS 설치하기
3. Perceus 설치하기
4. Perceus 설정하기
   

Perceus 는 이전에 Warewulf 를 만들던 곳에서 Warewulf 를 좀 더 관리하기 쉽게 다시 작성한 Cluster Software 입니다. Warewulf 는 3 이 준비되고 있지만, 언제나올지 잘 모르겠군요. Perceus는 Warewulf 와는 다르게 하나의 실행 파일에서 옵션들을 변경해서 각 노드들을 관리하게 되어 있습니다. 그래서 좀 더 관리하기가 편리합니다. 홈페이지는 http://www.perceus.org/ 입니다. 홈페이지가 (아마 Trac 이 아닌가 싶은데요.) 위키 형식으로 구성되어 있습니다.

CentOS 4.5의 설치에 대한 내용은 별도로 언급하지 않겠습니다. 여기서 사용한 시스템은 2007.10.21에 "#yum update" 명령을 통해서 최신버젼 갱신되었습니다. CentOS 4.5 설치시에 SELinux 와 방화벽 설정을 끄시길 바랍니다. SELinux는 사용하지 않으셔야 하며, 방화벽은 Perceus 설치 끝내고 정상적으로 작동이 되는 것을 확인하고 다시 활성 시키는게 정신건강에 좋습니다.^^

Perceus 1.3.4  버젼이 나오면서 새로운 Document 가 나왔습니다. 하지만 이번역시 이전에 홈페이지에 있던 SunGrid Engine  설치 같은 항목은 포함되어 있지 않습니다.

Perceus 를 설치를 위한 Host 설정

Perceus 설치하기 전에 몇 가지 설정을 먼저 합니다. 우리가 구성하는 시스템은 랜카드를 2개 가지고 있습니다. 외부 인터넷과 연결되는 eth0 와 내부 클러스터 노드들과 연결되는 eth1 카드 입니다. 이중  eth1 카드를 설정해야 합니다.

CentOS 에서 eth1 카드에 대한 환경 설정 파일은 /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1 에 존재합니다. 이 파일을 열어서 다음과 같은 내용으로 바꿔 줍니다. 이때 HWADDR= 로 시작하는 라인은 그대로 유지합니다.

DEVICE=eth1
BOOTPROTO=static
BROADCAST=10.0.255.255
IPADDR=10.0.0.1
NETMASK=255.255.0.0
NETWORK=10.0.0.0
ONBOOT=yes
TYPE=Ethernet

그리고 네트워크를 재시작 합니다.

# /etc/init.d/network restart

Perceus 설치를 위한 관련 라이브러리 설치

Perceus 가 동작하기 위한 관련 라이브러리들이 먼저 설치되어 있어야 합니다(너무 당연하가요?^^;). 먼저 yum 에서 제공되는 것들을 설치 합니다.

# yum -y groupinstall "Development Tools"

저는 이 과정에서 redhat-lsb pakcage 가 error 를 내더군요. 그래서 이 패키지를 제거하고 설치했습니다. "# yum remove redhat-lsb" 명령어로 제거 할 수 있습니다. 그리고 다음은 nasm 과 perl-DBI 를 설치합니다.

# yum -y install nasm
# yum -y install perl-DBI

다음은 Perceus 에서 제공하는 rpm 파일을 설치하기 위해서 rpm 설정을 수정해야 합니다. /root/.rpmmacros 파일을 만들고 다음 내용을 추가합니다.

%debug_package %{nil}

이제 추가 패키지로

• bash-completion
• perl-IO-Interface
• perl-Net-ARP
• perl-Unix-Syslog

를 설치해야 합니다. 이 패키지는 Perceus 에서 제공되는 버젼을 설치 해야 합니다.

# wget http://www.perceus.org/downloads/perceus/v1.x/dependencies/bash-completion-20060301-1.caos.src.rpm
# wget http://www.perceus.org/downloads/perceus/v1.x/dependencies/perl-IO-Interface-0.98-1.caos.src.rpm
# wget http://www.perceus.org/downloads/perceus/v1.x/dependencies/perl-Net-ARP-1.0-2.caos.src.rpm
# wget http://www.perceus.org/downloads/perceus/v1.x/dependencies/perl-Unix-Syslog-0.99-1.caos.src.rpm
# rpmbuild --rebuild bash-completion*.src.rpm
# rpmbuild --rebuild perl-IO-Interface*.src.rpm
# rpmbuild --rebuild perl-Net-ARP*.src.rpm
# rpmbuild --rebuild perl-Unix-Syslog*.src.rpm
# cd /usr/src/redhat/RPMS/noarch/
# rpm -Uvh bash-completion*.src.rpm
# rpm -Uvh perl-IO-Interface*.src.rpm
# rpm -Uvh perl-Net-ARP*.src.rpm
# rpm -Uvh perl-Unix-Syslog*.src.rpm

Perceus 본격 설치

Perceus 1.3.4 파일을 받습니다.

# cd /root/
# mkdir perceus/
# cd perceus/
# wget http://www.perceus.org/portal/files/perceus-1.3.4.tar.gz
# export TAR_OPTIONS=--wildcards
# rpmbuild -ta perceus-1.3.4.tar.gz

이 러면 이런 저런 메세지를 내뿜으면서 perceus  의 rpm 패키지가 만들어 집니다. 만들어진 패키지는 /usr/src/redhat/RPMS 의 어딘가(^^)에 존재합니다. 만들어진 rpm 파일은 총 2개 입니다. perceus-1.3.4.rpm 파일 입니다.

# rpm -Uvh /usr/src/redhat/RPMS/*/perceus-1.3.4.rpm

설치가 끝나게 됩니다. 이제 Perceus 설정을 해야죠. 한 프로그램에서 모든 것을 처리하기 때문에 이전의 Warewulf  보다 훨씬 쉽습니다.