Gromacs 설치하기

Molecular Dynamics 에서 많이 사용되는 프로그램을 뽑으면, Amber, Charmm, Gromacs 정도가 있는 것 같습니다. 오늘은 이중에서 Gromacs 를 설치하는 법을 설명드리겠습니다.

설치환경

• OS : CentOS 5 (Updated 2008.4.12)
  
• Arch : x86_64
• 설치 경로
• /opt/fftw
• /opt/gromacs
  

관련 Library 설치
Gromacs 를 설치하기 위해서 필요한 다음 Library 가 설치되어 있어야 한다.

• libX11-devel
• libXau-devel
• libXdmcp-devel
• mesa-libGL-devel
• xorg-x11-proto-devel
  

프로그램 다운 받기
여기서는 Gromacs 를 설치하기 위해서 Gromacs 와 FFTW 를 다운 받습니다. 먼저 Gromacs 는 홈페이지에서 무료로 받을 수 있습니다. 현재 최신버젼은 3.3.3 이네요. FFTW 는 Gromacs 가 사용하는 Library 입니다. 역시 FFTW 의 홈페이지에서 무료로 받을 수 있습니다.  현재 안정화 버젼은 3.1.2 입니다.

FFTW 설치하기
FFTW 를 설치하는 방법은 다른 프로그래을 설치하는 것과 특별히 다르지 않습니다. FFTW 가 설치될 경로는 /opt/fftw 입니다.

먼저 압축을 풀고,

# tar xfz fftw-3.1.2.tar.gz
# cd fftw-3.1.2

다음 설치 환경을 정하기 위해서 configure를 실행합니다. Gromacs 는 single precision 입니다 그런데 FFTW 는 double precision 으로 설정되어 있기때문에  --enable-float 옵션을 주어야 합니다. 다음과 같이 설치 경로만 지정해주고 실행하면 됩니다.

# ./configure --prefix=/opt/fftw  --enable-float --enable-threads


이제 컴파일 하고 설치하면 됩니다.

# make
# make check
# make install

fftw library 를 사용하기 위한 환경변수를 추가합니다.

# export CPPFLAGS=-I/opt/fftw/include
# export LDFLAGS=-L/opt/fftw/lib

Gromacs 설치하기
Gromacs 를 설치합니다. 여기서는 MPI 를 이용하도록 컴파일된 Gromacs 와 일반으로 돌리도록 설게된 Gromacs 가 공존하도록 설치합니다.

# ./configure --prefix=/opt/gromacs --with-fft=fftw3
# make
# make install

MPI 를 위해서 다음 옵션으로 다시 컴파일 합니다. MPI 용으로 컴파일된 Gromacs 파일들은 뒤에 _mpi 라는 단어가 붙습니다.

# make distclean
# export CC=mpicc
# export F77=mpif77
# export CXX=mpicxx
# ./configure --enable-mpi --program-suffix="_mpi" --with-fft=fftw3 --prefix=/opt/gromacs
# make
# make install

설치가 완료되면 다음 파일이 생성됩니다.

# ls /opt/gromacs/bin/*_mpi

참고자료

• http://www.gromacs.org/content/view/19/32/
• http://wiki.hpc.ufl.edu/index.php/Gromacs