Amber 10 설치하기

Amber 10 설치 방법 입니다. 여기서는 Intel MathKernelLibrary 를 사용하겠습니다.

Amber를 설치하기 전에 알아둘 내용으로 install 과정이 존재하지 않는 다는 것입니다. amber10.tar.gz 파일을 설치하기 원하는 곳에 압축을 풀고 그곳에서 컴파일을 해서 사용해야 합니다. 여기서는 /opt/amber10 에 설치하겠습니다.

설치환경
amber 를 설치하는 환경은 다음과 같습니다.

• CentOS 5.2
• Intel Compiler 11.0.81
  
• MPICH2 1.0.8 ( /opt/mpich2 에 설치되있다고 가정합니다.)
  

환경변수 설정

export AMBERHOME=/opt/amber10
export MPI_HOME=/opt/mpich2
export MKL_HOME=${INTEL_HOME}/mkl

필수 프로그램 설치하기

• libXt-devel
• libXext-devel
  

AmberTool 설치하기

# ./configure_at icc
# make -f Makefile_at

make 과정에서 XShapeQueryExtension 관련된 에러가 나면 #include <X11/extensions/shape.h> 을  ./leap/src/Xraw/Command.c 파일의 10번째 줄에 추가한다.

Sinle CPU 를 이용하기 위한 Amber 설치하기

AmberTool 과 구분하기 위해서 amber를 설치하기 위해서는 configure_amber 라는 실행파일을 이용합니다.

amber 의 설치환경을 설정하는 기본 형식은

#./configure_amber [flags] [compiler/architecture]

입니다. 여기서 [flags] 에는 설정 들이 들어가고 [compiler/architecture] 에는 자신의 시스템과 컴파일러를 선택합니다. 현제 지원하는 목록은

compaqf90, hpf90, ifort, pgf90, sgi_altix, sgi_mips, sparc, xlf90_aix, xlf90_suse, xlf90_macosx, xlf90_bluegene, ifort_macosx, g95, gfortran, pathscale

저는 intel compiler 를 사용하기 때문에 ifort 를 사용하기로 했습니다. 그런데 다음 명령을 실행하기 앞서서 configure_amber 파일을 일부 수정해야 합니다. ifort 를 사용하는 옵션에서 icc 가 아닌 gcc 를 사용하도록 설정되어 있습니다. 저의 경우 이것 때문에 에러를 내면서 설치가 중단되더군요. configure_amber 파일을 열어서 gcc 를 icc 로 고쳐 줍니다. 이제 다음 명령을 내립니다.

# ./configure_amber ifort

config_amber.h 파일이 생성됩니다.

# make serial

을 하시면 설치가 됩니다.

Multi CPU 이용을 위한 Amber10 설치
여기서는 mpich2를 이용해서 설치합니다.

# ./configure_amber -mpich2 ifort
# make parallel

Test 하기
amber 는 설치후 정상적으로 작동하는지 확인할 수 있는 test 방법을 제공합니다.

# cd $AMBERHOME/test
# make -f Makefile_at test