SCOP Database 를 사용하는데 유용한 몇 가지 ID 목록

SCOP Database 를 사용해서 Interface 같은 연구를 하다 보니 몇 가지 목록들이 계속 필요하게 되네요. 자꾸 만들고 지우고 만들고 지우고 해서 새로운 Version 이 나올때마다 꾸준히 만들어서 정리해 놔야겠습니다. 누군가도 필요할 거라 생각되서 블로그에 올립니다.

• SCOP Version : 1.73
• Astral Scop : 이용
  

첨부 파일

• list.scop_id : scop_id 모음
• list.pdb_id : pdb_id 를 기준으로 정리한 scop_id
• list.homolog : scop domain 을 SEQRES 를 기준으로 비교해서 homology 100% 인 scop_id 의 모음
• list.interface.10 : solvent accessible surface area 가 10% 이상 변하는 것을 기준으로 뽑은 domain 간의 interface 목록. residue 가 10개 이상일 경우. (134,600개)
  
• list.interface.5 : solvent accessible surface area 가 10% 이상 변하는 것을 기준으로 뽑은 domain 간의 interface 목록. residue 가 5llllllllj개 이상일 경우. (171,715개)
  

입니다.

list.homolog

list.interface.10

list.interface.5

list.pdb_id

list.scop_id