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리눅스

생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #4v1 Perceus 설정하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 이제 perceus 설정을 하겠습니다. perceus 의 환경 설정파일들은 /etc/perceus/ 에 위치합니다. 이곳에 있는 파일중 perceus.conf 파일은 perceus 시스템을 설정하는 파일이고 defaults.conf 는 노드에 대한 설정을 하는 곳입니다. perceus.conf 설정 /etc/perceus/perceus.conf 파일을 열어서 다음과 같이 수정합니다. 4 vnfs transfer master = 10.0.0.1간단합니다. 이제 perceus 를 실행합니다. 처음 실행하면 환경 설정을 초기화 할 것인지를 묻.. 더보기
생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3.1 Perceus 설치하기 --------------------- 다시 쓰여진 글이 있습니다. 다음 글을 보시기 바랍니다. http://blog.neosgen.net/40 --------------------- 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기Perceus 설치하기 회사 클러스터 메인 하드가 고장이 나서 클러스터를 새롭게 구성했습니다. "CentOS 4.5 + Perceus 1.3.1" 입니다. Perceus 는 이전에 Warewulf 를 만들던 곳에서 Warewulf 를 좀 더 관리하기 쉽게 다시 작성한 Cluster Software 입니다. Warewulf 는 3 이 준비되고 있지만, 언제나올지 잘 모르겠군요. Perceus는 Warewulf 와는 다르게 하나의 실행 파일에서 옵션들을 변경해서 각 노드들을 .. 더보기
Perceus 1.3.1 등장 생각나서 Perceus 홈페이지 에 들어가봤더니 10월 9일에 1.3.1 이 나왔네요. 바뀐 내용은 다음과 같습니다. 눈에 띄는건 Perceus users guide 군요. Submitted by gmk on Tue, 10/09/2007 - 10:52pm. Download: perceus-1.3.1.tar.gz Size: 46.9 MB md5_file hash: 55b55b764d667f7392cd94fabe48b123 First released: Tue, 10/09/2007 - 10:52pm Last updated: Tue, 10/09/2007 - 10:52pm The Infiscale team is happy to announce the release of Perceus 1.3.1. This is a.. 더보기
valgrind 를 이용해서 프로그램 디버깅 하기 얼마전에 오랜만에 C 언어로 프로그램을 짤 일이생겼습니다. 3일동안 67kbyte 정도의 소스코드를 작성했고, 잘 돌아갔습니다. (얼마나 뿌듣하던지.^^) 그리고 나서 이 프로그램을 조금더 확장하는데, 메모리 문제가 있었습니다. 길면 몇 주를 돌아가야 할 프로그램이라 메모리 관리가 좀 더 철저해야 하는데, 작성을 그리 하지 않았으니... 그래서 이것 저것 손을 보며 고치고 있는데, 오랜만에 해서 그런지 원래 실력이 안되는 건지 쉽지가 않더군요. 메모리관련된 알아볼 수 없는 에러가 계속 발생해서 거의 GG 치고 GDB 를 사용했던 기억을 되살려서 Debugging 을 해야 하나.. 고민하고 있었는데, 예전에 같이 일하전 정설씨가 메모리 관련된 툴을 사용하는 것이 기억나서 물어보니 valgrind 라는 툴을.. 더보기
Perceus 1.3.0 이 나왔네요. Warewulf 에 대한 정보를 좀 보려고 홈페이지 에 갔더니 2007. 7. 10. 에 1.3.0 이 나왔네요. 1.2.1 을 사용해본 소감으로는 아직 좀 시기 상조라고 생각은 드는데, 그래도 1.3 으로 바뀌었으니 많은 문제점이 고쳐졌겠죠. 다음에 클러스터 업그레이드 할 때 고려해봐야겟습니다. 대충 다음 내용이 바뀌었다네요. Enabled much more robust provisioning mechanisms Updated the included kernel to 2.6.21 More configurable build mechanisms Lots of fixups to provisiond Now can provision over InfiniBand Various "detect" updates inc.. 더보기
생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3 warewulf 설치하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기warewulf 설치하기 --------------------------------------------------------------- Warewulf 의 최신버젼인 Perceus 설치하기 글을 새로 올렸습니다. 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3.1 Perceus 설치하기 링크로 가셔서 최신 글을 보시기 바랍니다. ---------------------------------------------------------------- 저번 글에서 Master 에 CentOS 4.5 를 설치하였습니다. 이제 Cluster 의 Node 를 운영할 관리 시스템인 Warewulf를 설치할 차례 입니다. Warewulf 패키지 설치와 Warewulf 를 작.. 더보기
생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #2 시스템 구성과 CentOS 설치하기 네오스의 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 시리즈 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기warewulf 설치하기 이번에는 클러스터를 작동시키는 기본이되는 CentOS 설치를 하겠습니다. Diskless 시스템을 구축할 예정이므로 Master Node 에만 설치하면 됩니다. 우리가 만들 클러스터는 Master 만 외부와 연결되어 있고, Master 와 Node 는 내부네트웍으로 구성되어 있습니다. 그래서 Master 에는 2개의 Lan card 가 필요합니다. 다음과 같은 형식 입니다. --- ( eth0 : Master : eth1 ) --- ( eth0 : Nodes ) 여기서 master 의 eth0 는 실제 master 가 인터넷에 접근할때 사용되는 IP를 할당해 주시면 됩니다. 그.. 더보기

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