IT n Linux 썸네일형 리스트형 Amber 10 설치하기 Amber 10 설치 방법 입니다. 여기서는 Intel MathKernelLibrary 를 사용하겠습니다. Amber를 설치하기 전에 알아둘 내용으로 install 과정이 존재하지 않는 다는 것입니다. amber10.tar.gz 파일을 설치하기 원하는 곳에 압축을 풀고 그곳에서 컴파일을 해서 사용해야 합니다. 여기서는 /opt/amber10 에 설치하겠습니다. 설치환경 amber 를 설치하는 환경은 다음과 같습니다. CentOS 5.2 Intel Compiler 11.0.81 MPICH2 1.0.8 ( /opt/mpich2 에 설치되있다고 가정합니다.) 환경변수 설정 export AMBERHOME=/opt/amber10 export MPI_HOME=/opt/mpich2 export MKL_HOME=${I.. 더보기 MPICH2 설치하기 앞서 설정한 컬러스터링 시스템에 Sun Grid Engine 를 Queueing 시스템으로 사용하였습니다. 이제 Queueing System 에서 MPI 방식의 프로그램을 돌리기 위해서 MPICH2 를 설치하고 둘을 연동시켜 보겠습니다. MPICH2 를 설치하는 방식은 2개지가 있습니다. 첫번재는 네트웍을 통하지 않고 여러개의 Core를 가지는 한대의 컴퓨터에서 돌아가게 하는 방식과 smpd 를 이용해서 네트웍으로 다른 컴퓨터와 연결하는 방법이 있습니다. 각각의 장단 점이 있으므로, 자신에게 맞는 방법으로 설치하시면 됩니다. 여기서는 2가지 종류의 컴파일러를 사용해서 각 컴파일당 2개의 종류를 가지게 되어서 총 4가지 경우로 설치가 이루어집니다. 설치하실 분들은 자신에게 알맞는 것을 사용하시면 됩니다. .. 더보기 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #6v1 Sun Grid Engine 설치하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 이번에는 Queueing System 을 설치할 차례입니다. Queueing System 은 사용자가 돌리려는 프로그램을 현재 아무런 일도 하고 있지 않는 Node를 찾아서 자동으로 실행시켜 주는 프로그램을 말합니다. Cluster 에 가장 중요한 프로그램이라고 할 수 있는데요. 다양한 Queueing System 이 존재합니다. OpenPBS, Torque, Sun Grid Engine 중 우리는 Sun Grid Engine 를 설치할 것입니다. 알림 : 앞으로 할 모든 내용은 root 권한에서 이루어 진다는 가정을 하고 있습니다. S.. 더보기 아파치 보안 설정 하기 : .htaccess 와 간단한 아파치 설정 사용 가끔 편리성을 위해서 간단한 웹페이지들을 만들다 보면, 허용된 사람들만 볼 수 있도록 제한을 걸어야 할 경우가 생깁니다. 이 때 간단히 아파치에 설정을 더해서 쉽게 수정할 수 있는 방법이 있습니다. .htaccess 파일을 이용 .htaccess 파일은 특정 디렉토리와 그 하위에 있는 디렉토리들을 간단하게 설정할 수 있게 해주는 파일 입니다. 따라서 특별한 설정이 필요한 디렉토리에 .htaccess 파일을 만들고 그 안에 인증 관련된 설정을 해주면 손쉽게 적용할 수 있습니다. 특정 IP 나 Domain 에서의 접속만을 허용하기 apache 는 간단한 형식으로 특정 IP 대역 이나 domain 에서 오는 접속만을 차단하거나 허용할 수 있도록 설정할 수 있습니다. 간단한 예제를 보면 Order Deny,Al.. 더보기 Amber9 설치하기 제가 다니는 대학원에서 Amber 를 사용합니다. 이번에 cluster 를 정비하면서 Amber 를 설치하였는데, 은근히 까다롭더군요. 그래서 설치법을 정리합니다. 여기서는 CentOS 5.1, OpenMPI (1.2.6), Intel Fortran Compiler (10.1.015) , Intel Math Kernel Library (10.0.2.018) 환경에서 Amber 를 설치하도록 하겠습니다. 필요한 Library 설치하기 Amber9 을 정상적으로 설치하기 위해서는 다음 Library 가 필요합니다. libXt-devel libXext-devel note. CentOS 4.x 에서는 "xorg-x11-devel" 을 설치해야 합니다. CentOS 5.0 이상에서는 기본으로 제공하므로 yum 을.. 더보기 OpenMPI 설치하기 클러스터에 병렬연산을 하기 위해서 꼭 설치해야 되는게 MPI Library 입니다. MPI 라이브러리에는 다양한 종류가 있는데요. 가장 많이 사용되는게 MPICH, LAM MPI, OpenMPI 정도 인 것 같습니다. 여기서는 이중 OpenMPI 를 설치해 보겠습니다. 설치환경 OS : CentOS 5.1 (updated 2008. 4. 12) Arch : x86_64 설치경로 : /opt/openmpi 컴파일러 CC : icc CXX : icpc F77 : ifort FC : ifort 파일받기 파일은 OpenMPI 홈페이지에서 받을 수 있습니다. 현재 최신버젼은 1.2.6 입니다. 설치 설치과정은 단순합니다. # ./configure --prefix=/opt/openmpi --enable-mpi-th.. 더보기 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #1 클러스터 이해하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 생물정보학 분야에서 연구를 하다보면 가장 많이 필요한 장비가 자료를 저장할 좋은 Database 서버와 자료를 만드는대 사용되는 클러스터 같습니다. 슈퍼컴퓨터가 있으면 제일 좋겠지만, 그게 어디 한두푼 하나요. 국내에 있는 수퍼컴퓨터 센터를 이용하려고 해도 일게 석사한테 빌려주지도 않을 것 같고, 요즘은 개인용 데스크탑 CPU 도 정말 잘 나와서 이것들을 잘 묶으면 멋진 성능을 발위해주니 클러스터를 직접 구성해서 사용하는게 가장 속편하고 좋은것 같습니다. 최근에 회사의 리눅스 클러스터를 다시 구성했습니다. 원래 클러스터를 구성해주시던 분.. 더보기 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3.3 Perceus 설치하기 (version 1.3.7) 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 Perceus 는 Infiscale 에서 만든 Diskless 클러스터 구축용 프로그램 패키지 입니다. 이런 프로그램이 나오기 전에는 복잡하고 어려운 과정을 거쳐야 했지만, 이제는 쉽게 구축할 수 있습니다. Diskless Cluster 를 구축하는데 사용되는 tftp, dhcp 서버를 별도로 설치할 필요도 없고, node 구성부터 등록까지 자동으로 처리해 줍니다. CentOS 의 설치에 대한 내용은 별도로 언급하지 않겠습니다. 여기서 사용한 시스템은 CentOS 5.1 이며, 2008년 4월 10일자로 "# yum update" 명령을.. 더보기 이전 1 2 3 4 5 다음