IT n Linux 썸네일형 리스트형 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #2.3 시스템 구성과 CentOS 설치하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 이번에는 클러스터를 작동시키는 기본이되는 CentOS 설치를 하겠습니다. Diskless 시스템을 구축할 예정이므로 Master Node 에만 설치하면 됩니다. 우리가 만들 클러스터는 Master 만 외부와 연결되어 있고, Master 와 Node 는 내부네트웍으로 구성되어 있습니다. 그래서 Master 에는 2개의 Lan card 가 필요합니다. 다음과 같은 형식 입니다. --- ( eth0 : Master : eth1 ) --- ( eth0 : Nodes ) 여기서 master 의 eth0 는 실제 master 가 인터넷에 접근할때 .. 더보기 Gromacs 설치하기 Molecular Dynamics 에서 많이 사용되는 프로그램을 뽑으면, Amber, Charmm, Gromacs 정도가 있는 것 같습니다. 오늘은 이중에서 Gromacs 를 설치하는 법을 설명드리겠습니다. 설치환경 OS : CentOS 5 (Updated 2008.4.12) Arch : x86_64 설치 경로 /opt/fftw /opt/gromacs 관련 Library 설치 Gromacs 를 설치하기 위해서 필요한 다음 Library 가 설치되어 있어야 한다. libX11-devel libXau-devel libXdmcp-devel mesa-libGL-devel xorg-x11-proto-devel 프로그램 다운 받기 여기서는 Gromacs 를 설치하기 위해서 Gromacs 와 FFTW 를 다운 받습니.. 더보기 Perceus 1.3.7 나왔네요. Perceus 릴리즈 정보만 올리는 것 같군요. 그동안 적은 글은 꽤 되는데 공개할 만한 글이 없어서... 반성좀 해야겠습니다.^^ 하여간 Perceus 1.3.7 이 릴리즈 됬답니다. 이런 저런 버그 수정이 있고, 바뀐 것 들이 있는데, 눈에 띄는건 SLURM 이라는 거네요. 뭔가 하고 찾아봤더니 SimplLinuxUtilityForResourceManagement 의 약자인 것 같더군요. Manual 도 1.3.7 용으로 Updated 라고 되어있는데, 아직 다운받을 수는 없어서 정확히 어떤 부분이 변경된 것인지는 잘 모르겠습니다. 그리고 1.4.0 에 대한 이야기도 조금 나오고 있네요. 이것도 1.4.2는 되야 쓸만하지 않을까 하는 조심스런 추측을 해봅니다. ;) Perceus 1.3.7 Submi.. 더보기 생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #4v1 Perceus 설정하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 이제 perceus 설정을 하겠습니다. perceus 의 환경 설정파일들은 /etc/perceus/ 에 위치합니다. 이곳에 있는 파일중 perceus.conf 파일은 perceus 시스템을 설정하는 파일이고 defaults.conf 는 노드에 대한 설정을 하는 곳입니다. perceus.conf 설정 /etc/perceus/perceus.conf 파일을 열어서 다음과 같이 수정합니다. 4 vnfs transfer master = 10.0.0.1간단합니다. 이제 perceus 를 실행합니다. 처음 실행하면 환경 설정을 초기화 할 것인지를 묻.. 더보기 Perceus 1.3.1 등장 생각나서 Perceus 홈페이지 에 들어가봤더니 10월 9일에 1.3.1 이 나왔네요. 바뀐 내용은 다음과 같습니다. 눈에 띄는건 Perceus users guide 군요. Submitted by gmk on Tue, 10/09/2007 - 10:52pm. Download: perceus-1.3.1.tar.gz Size: 46.9 MB md5_file hash: 55b55b764d667f7392cd94fabe48b123 First released: Tue, 10/09/2007 - 10:52pm Last updated: Tue, 10/09/2007 - 10:52pm The Infiscale team is happy to announce the release of Perceus 1.3.1. This is a.. 더보기 valgrind 를 이용해서 프로그램 디버깅 하기 얼마전에 오랜만에 C 언어로 프로그램을 짤 일이생겼습니다. 3일동안 67kbyte 정도의 소스코드를 작성했고, 잘 돌아갔습니다. (얼마나 뿌듣하던지.^^) 그리고 나서 이 프로그램을 조금더 확장하는데, 메모리 문제가 있었습니다. 길면 몇 주를 돌아가야 할 프로그램이라 메모리 관리가 좀 더 철저해야 하는데, 작성을 그리 하지 않았으니... 그래서 이것 저것 손을 보며 고치고 있는데, 오랜만에 해서 그런지 원래 실력이 안되는 건지 쉽지가 않더군요. 메모리관련된 알아볼 수 없는 에러가 계속 발생해서 거의 GG 치고 GDB 를 사용했던 기억을 되살려서 Debugging 을 해야 하나.. 고민하고 있었는데, 예전에 같이 일하전 정설씨가 메모리 관련된 툴을 사용하는 것이 기억나서 물어보니 valgrind 라는 툴을.. 더보기 c 의 abs 함수는 double 형을 지원하지 않는다. 요즘 한참 열공 중인 단백질 구조 정렬 프로그램을 짜서 돌리다가 결과가 이상해서 검토를 알게 된 사실입니다. C에서 abs 함수는 double 형을 지원하지 않습니다. int 형만을 지원합니다. abs(-0.002 ) = 0.000 이렇게 됩니다. C 코딩할때 조심하세요.^^ --- 추가 --- double 형은 fabs 를 사용하라네요. 같은 연구실에 있었던 심상우 군이 알려주었습니다. 더보기 2년만에 받아보는 성정. 그러나 기쁘지 않다. 2년만에 성적표라는 것을 받았다. 성적은 잘 나왔는데. 별로 기쁘지 않다. 왜냐하면.... 머리속에 남은게 없다. 멋지게 수업을 하시는 교수님도 있지만, 정말 "내가 이 사람 점심값 주러 학교 다니나?" 하는 생각이 들게 수업하는 사람들이 있다. 한 학기 동안 얼굴 보기도 힘들었던 교수... 돈이 아깝다. 차라리 수업하지말고, 학생들 끼리 논문 세미나를 하게 하지. 차라리 쓸데 없이 전공필수 하지말고, 다른과 좋은 전공과목들 들으라고 하지. 시간 버리고, 기분 나쁘고, 다른 수업 못 듣고, 공부 못하고. 이게 뭐하는 건지.... 쯧쯧... 그래도 멋지고 열심히 수업해주신 교수님들이 계셨고, 그 분들께 감사하다. 더보기 이전 1 2 3 4 5 다음
