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OpenMPI 설치하기 클러스터에 병렬연산을 하기 위해서 꼭 설치해야 되는게 MPI Library 입니다. MPI 라이브러리에는 다양한 종류가 있는데요. 가장 많이 사용되는게 MPICH, LAM MPI, OpenMPI 정도 인 것 같습니다. 여기서는 이중 OpenMPI 를 설치해 보겠습니다. 설치환경 OS : CentOS 5.1 (updated 2008. 4. 12) Arch : x86_64 설치경로 : /opt/openmpi 컴파일러 CC : icc CXX : icpc F77 : ifort FC : ifort 파일받기 파일은 OpenMPI 홈페이지에서 받을 수 있습니다. 현재 최신버젼은 1.2.6 입니다. 설치 설치과정은 단순합니다. # ./configure --prefix=/opt/openmpi --enable-mpi-th.. 더보기
생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #1 클러스터 이해하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 생물정보학 분야에서 연구를 하다보면 가장 많이 필요한 장비가 자료를 저장할 좋은 Database 서버와 자료를 만드는대 사용되는 클러스터 같습니다. 슈퍼컴퓨터가 있으면 제일 좋겠지만, 그게 어디 한두푼 하나요. 국내에 있는 수퍼컴퓨터 센터를 이용하려고 해도 일게 석사한테 빌려주지도 않을 것 같고, 요즘은 개인용 데스크탑 CPU 도 정말 잘 나와서 이것들을 잘 묶으면 멋진 성능을 발위해주니 클러스터를 직접 구성해서 사용하는게 가장 속편하고 좋은것 같습니다. 최근에 회사의 리눅스 클러스터를 다시 구성했습니다. 원래 클러스터를 구성해주시던 분.. 더보기
생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #3.3 Perceus 설치하기 (version 1.3.7) 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 Perceus 는 Infiscale 에서 만든 Diskless 클러스터 구축용 프로그램 패키지 입니다. 이런 프로그램이 나오기 전에는 복잡하고 어려운 과정을 거쳐야 했지만, 이제는 쉽게 구축할 수 있습니다. Diskless Cluster 를 구축하는데 사용되는 tftp, dhcp 서버를 별도로 설치할 필요도 없고, node 구성부터 등록까지 자동으로 처리해 줍니다. CentOS 의 설치에 대한 내용은 별도로 언급하지 않겠습니다. 여기서 사용한 시스템은 CentOS 5.1 이며, 2008년 4월 10일자로 "# yum update" 명령을.. 더보기
생물정보학자를 위한 클러스터 만들기 #2.3 시스템 구성과 CentOS 설치하기 클러스터 이해하기 시스템 구성과 CentOS 설치하기 Perceus 설치하기 Perceus 설정하기 Perseus Node 설정하기 Sun Grid Engine 설치하기 이번에는 클러스터를 작동시키는 기본이되는 CentOS 설치를 하겠습니다. Diskless 시스템을 구축할 예정이므로 Master Node 에만 설치하면 됩니다. 우리가 만들 클러스터는 Master 만 외부와 연결되어 있고, Master 와 Node 는 내부네트웍으로 구성되어 있습니다. 그래서 Master 에는 2개의 Lan card 가 필요합니다. 다음과 같은 형식 입니다. --- ( eth0 : Master : eth1 ) --- ( eth0 : Nodes ) 여기서 master 의 eth0 는 실제 master 가 인터넷에 접근할때 .. 더보기
Gromacs 설치하기 Molecular Dynamics 에서 많이 사용되는 프로그램을 뽑으면, Amber, Charmm, Gromacs 정도가 있는 것 같습니다. 오늘은 이중에서 Gromacs 를 설치하는 법을 설명드리겠습니다. 설치환경 OS : CentOS 5 (Updated 2008.4.12) Arch : x86_64 설치 경로 /opt/fftw /opt/gromacs 관련 Library 설치 Gromacs 를 설치하기 위해서 필요한 다음 Library 가 설치되어 있어야 한다. libX11-devel libXau-devel libXdmcp-devel mesa-libGL-devel xorg-x11-proto-devel 프로그램 다운 받기 여기서는 Gromacs 를 설치하기 위해서 Gromacs 와 FFTW 를 다운 받습니.. 더보기
자전거용/레져용 Q5 2구 LED 라이트 만들기 자전거 용 P4 LED 라이트가출시되기전부터 시작된 저의 자전거 용 라이트 자작 하기 취미생활이 어느덧 8개월에 접어 들었습니다. 그 동안 정말 많은 라이트를 만들었습니다. 들어간 돈은.... 뭐 해아릴 수도 없는 금액이죠.(ㅠㅡㅠ) 그 동안 DIY를 해서 만든 라이트를 가지고 다니면서 생각하게 된 자작 라이트의 조건은 가벼운 야간 산행이 가능해야 한다. (임도정도)완제품 정도로 외부의 충격에 강해야 하고, 비를 일정 시간 맞아도 무리 없도록 생활 방수가 가능해야 한다.18650 배터리 하나로 1시간 30분 이상 사용가능해야 한다. 최소한 배터리+라이트 무게가 할로겐 라이트 보다 가벼워야 한다.일반 라이트보다 빛이 더 퍼져야 하지만, 너무 퍼지지는 않아야 한다. 정도 입니다. 특히 두번째 조건은 자전거 .. 더보기
이번주에 읽어볼 만한 논문은? 매주 연구실에서 하는 저널 클럽 때문에 논문을 정기적으로 찾게 되는데, 이때 발표는 안해도 읽어볼 만한 논문들이 많습니다. 그래서 생물정보학을 하는 사람이라면 한번쯤 읽어볼 만한 논문들을 매주마다 올려봅니다. PLoS Computational Biology Yeang C, Haussler D (2007) Detecting Coevolution in and among Protein Domains. PLoS Comput Biol 3(11): e211. doi:10.1371/journal.pcbi.0030211Viswanathan GA, Seto J, Patil S, Nudelman G, Sealfon SC (2008) Getting Started in Biological Pathway Construction.. 더보기
Perceus 1.3.7 나왔네요. Perceus 릴리즈 정보만 올리는 것 같군요. 그동안 적은 글은 꽤 되는데 공개할 만한 글이 없어서... 반성좀 해야겠습니다.^^ 하여간 Perceus 1.3.7 이 릴리즈 됬답니다. 이런 저런 버그 수정이 있고, 바뀐 것 들이 있는데, 눈에 띄는건 SLURM 이라는 거네요. 뭔가 하고 찾아봤더니 SimplLinuxUtilityForResourceManagement 의 약자인 것 같더군요. Manual 도 1.3.7 용으로 Updated 라고 되어있는데, 아직 다운받을 수는 없어서 정확히 어떤 부분이 변경된 것인지는 잘 모르겠습니다. 그리고 1.4.0 에 대한 이야기도 조금 나오고 있네요. 이것도 1.4.2는 되야 쓸만하지 않을까 하는 조심스런 추측을 해봅니다. ;) Perceus 1.3.7 Submi.. 더보기

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